Integreeritud genoomibrauser
| versioon (seisuga 6) | 9 |
| Platvormid | |
| litsents | Open Source |
| Kategooria | Teaduslik |
| Rohkem infot (külastage kirjastaja veebisaiti) |
|
Hinnang:
|
Tarkvara ülevaade
Põhiandmed
- Toetab erinevaid genoomivorminguid, nagu GenBank ja FASTA
- Suhelge andmetega suumi ja panoraamianimatsioonidega
- Juurdepääs Quickoomi saitide genoomidele ja nende laadimine
- Teisendage andmed erinevateks graafivormideks
- Jagage Dropboxi kaudu andmeid kaastöötajatega
- Lisafunktsioonide jaoks installige pistikprogrammid
Integreeritud genoomibrauser (IGB) on avatud lähtekoodiga programm, mida kasutatakse suurte genoomiliste andmekogumite vaatamiseks ja uurimiseks. Saate vaadata erinevaid andmevorminguid, suhelda oma andmetega, luua graafikuid, salvestada teavet piltidena ja jagada andmeid kaastöötajatega.
IGB võimaldab vaadata andmeid annotatsioonidest ja joondatud järjestustest. Programm toetab erinevaid vorminguid, nagu FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband ja GenBank. Võite võtta andmeid ja teisendada need mitmesugusteks graafivormideks, sealhulgas mittevastavuse graafikuteks andmete erinevuste esiletoomiseks ja sügavuse graafikuteks katvuse kuvamiseks. Samuti saate oma andmetega suhelda IGB suumi- ja panoraamianimatsioonide kaudu.
IGB võimaldab teil pääseda juurde genoomidele ja laadida neid QuickLoad-saitidelt, mis on visualiseerimise eesmärgil kataloogide, jadade ja muude andmefailide lihtsad süsteemid. IGB pakub täiustatud funktsionaalsust koos pistikprogrammi toega, et skriptide abil funktsionaalsust ja töövoo automatiseerimist lisada. IGB pakub teile ka täpsemaid funktsioone oma andmete jagamiseks, olgu see siis selle avaldamine kvaliteetse JPEG, PNG või SVG pildina või andmete salvestamine Dropboxi, et anda koostööpartneritele juurdepääs teie projektile.
IGB-d kasutavad peamiselt ülikooli teadlased, bioloogid ja bioinformaatikud. See pakub täiustatud tööriistu mitmesuguste genoomiandmete vormingute avamiseks, andmete visualiseerimiseks erinevate graafikutena ja andmete jagamiseks koostööpartneritega. Kahjuks tugineb programm arenduse jätkamiseks toetustele, mis tähendab, et rakenduse toetamine võib igal ajal lõpetada. Integreeritud genoomibrauser on siiski võimekas ja kohandatav programm kasutajatele, kes soovivad oma genoomi andmeid uurida ja analüüsida.
Toetatud failitüübid
Peamine faililaiend
Muud integreeritud genoomibrauseris 9 kasutatavad faililaiendid
| Toetatud failitüübid | |
|---|---|
| .Voodi | UCSC Voodi märkuste jälgimisfail |
| .NE | DeltaMasteri analüüsi seanss |
| .DOES | FASTA vormindatud jadafail |
| .SINA TEED | FASTA järjestusfail |
| .FASTA | FASTA järjestusfail |
| .GB | GenBanki andmefail |
| .SGR | SGR genoomi andmefail |
| .USQ | USeqi genoomi andmefail |
Uuendatud: juuni 29, 2016