.CRAM Faililaiend

Tihendatud joondusfaili formaat, mille on välja töötanud EBI, Euroopa molekulaarbioloogia laboratooriumi outstation salvestab lühikese lugemise joondajatest, näiteks BWA, BBMap ja BLAT, genereeritud lühikese DNA järjestuse loetud joondused.

CRAM-failivorming sarnaneb binaarse joondamise / kaardi (BAM) failivorminguga, kuid pakub paremat faili tihendamist ja ümberkorraldatud veergudele suunatud kahendkonteinerite vormingut. Kui andmemaht geneetilise tarkvara valdkonnas suureneb, kujundati CRAM-vorming joondusandmete ketta jalajälje vähendamiseks.

Lühike lugemisjoondamine on dešifreerimise protsess, kus järjestus pärineb genoomist. See võib olla keeruline, kuna võrdlusgenoom on üsna suur ja te ei otsi võrdlusgenoomist alati täpseid vasteid. Lühilugeja joondajaid kasutatakse tohutute vastete ja lähedaste vastete järjestuste otsimiseks. Kuna järjestused on nii suured, on failisuuruste hallatavuse tagamiseks vajalik tihendamine selliste vormingute nagu CRAM abil.